Tres años han transcurrido desde la caída del meteorito, Reeve junto a su ejercito WRO intenta recomponer la situación del planeta que goza de un periodo de paz y armonia. Esta armonia se vera interrumpida por un ataque a la ciudad de Kalm, donde se encontraba nuestro heroe Vincent Valentine, el ataque consta en capturar a los habitantes de dicho lugar en grandes contenedores que son llevados por helicópteros hasta las profundidades del DeepGround, lugar de procedencia del ejercito atacante Deep Ground Army. Alli son ejecutados en una gran fuente de Flujo de vida (Lifestream) con el fin de despertar a la ultima arma OMEGA.
Vincent se ve inmerso en dicha batalla intentado ayudar a los habitantes de Kalm, alli se topa con Azul y shelke , quienes indagan a Vincent sobre el paradero de la Protomateria, la llegada del ejercito WRO y de Reeve al lugar apresuran la partida de estos enigmáticos personajes quienes prometen volver a verse en su camino.
A lo largo de la aventura Vincent es perturbado por recuerdos de su pasado como miembro de los Turks (grupo de elite de la compañía Shinra) y su desempeño como guarda espaldas de Lucrecia Crescent. Asi como también descubre quien está detrás de las acciones de los DeepGrounds.
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